인류학자 케일(에릭 스톨츠 분)은 다큐멘터리 영화 연출팀과 함께 신비의 부족으로 알려진 아마존의 쉬리샤마 족을 찾아 나선다. 케일의 연인이자 다큐필림 연출가인 테리(제니퍼 로페즈 분)와 촬영기사 대니(아이스 쿠브 분), 음향기사 게리(오웬 윌슨 분) 그리고 리포터인 웨스트리지(조나단 하이드 분)도 같은 배에 동승하고 있다. '안개(Mist)' 부족으로 통하는 쉬리샤마족은 아나콘다라는 거대한 뱀을 위협적인 존재이자 신의 파수꾼으로 여긴다. 이들을 찾아 아마존으로 항해하던 케일 일행은 폭우가 쏟아지던날 밤 난파 된 보트에서 구조를 요청하는 샤론(존 보이트 분)을 만나게 된다. 아마존 오지의 지리는 물론 쉬리샤마 부족에 대하여 잘 알고 있는 샤론은 자신을 살려준 대가로 이들의 가이드를 자청한다. 이때부터 이들에겐 의문의 사고가 발생하기 시작한다. 케일이 잠수 도중 장수말벌을 삼켜 질식사 할 뻔하다가 샤론의 응급조치로 구사일생으로 살아나고 선장이었던 마테오(빈센트 캐스텔라노스 분)는 종적도 없이 사라져 버린다. 과연 샤론의 정체는 무엇일까? 그는 전문 밀렵꾼이며 뱀 수집가로 100만 달러이상의 돈벌이가 되는 아나콘다를 찾아 이들과 합류했던 것이다. 그러나 샤론의 음모와 정체를 알게 되었을 때 그들은 이미 아나콘다의 근거지에 들어선 상태였다. 거대한 아나콘다의 위협이 서서히 다가오는 가운데 샤론은 게리의 동조로 배의 실권을 쥐게 되고, 아나콘다를 생포하려는 샤론에 의해 게리와 그의 연인인 데니스(카리 살린 분)는 아나콘다의 희생양이 되고 만다. 아나콘다의 끔직스런 육식현장을 목격하게 된 테리는 엽총으로 아나콘다를 사살하지만 이들은 이 아나콘다보다 더 잔인스럽고 음흉한 샤론과 위협적이고 사나운 수컷 아나콘다와 또다시 마주하게 되는데.
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