니어 서드 임팩트로부터 14년 뒤, 초호기 안에 잠들어 있던 신지가 깨어난다. 신지의 눈앞에 펼쳐진 세계는 모든 것이 낯설다. 미사토를 비롯한 네르프 구성원 대부분은 네르프에 저항하는 단체 뷔레를 결성하여 인류보완계획을 저지하기 위해 전투를 벌인다. 아무것도 하지 마라는 미사토의 발언에 반발하여 네르프에서 파견된 레이를 따라나서는 신지. 그녀가 자신이 알고 있던 레이가 아니란 사실을 깨닫고 실망하지만 자신을 이해해주는 카오루를 만나 위안을 얻고, 카오루의 설득으로 모든 걸 원래대로 되돌리기 위해 다시 한번 에반게리온에 탑승할 것을 결심한다.
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