천년 퍼즐을 완성시켜 '어둠의 유우기'라는 또 다른 인격을 깨운 무토우 유우기. 카이바 코퍼레이션의 사장으로서 듀얼리스트의 정점에 군림한 카이바 세토와 동료들과의 수많은 사투를 벌였지만, 과거의 인연으로, 또 다른 자신과의 싸움을 피하지 못하고, 유우기와 어둠의 유우기는 마침내 결별하고 각자의 길로 떠나게 되었다. 그렇게 어둠의 유우기와의 마지막 듀얼을 끝내고 일상을 되찾은 것처럼 보였던 유우기 일행. 그 앞에 나타난 수수께끼의 소년 '아이가미'. 그리고 전세계에서 벌어지는 수수께끼의 실종 사건. 그저 한결같이 천년 퍼즐을 찾아다니는 카이바. 모든 조각이 합쳐질 때, 또 다시 결투의 막이 열린다!
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