괌 부근에서 미군의 원자력 잠수함이 실종되는 사고가 일어났다. 구조대는 그곳에서 고지라를 목격하지만, 방위군은 고지라에 대한 대비를 소홀히 하며 낙관적인 자세를 견지하고 있었고, 50년전의 고지라 상륙시 양친을 잃은 타치바나 준장은 그런 방위군의 모습에 우려를 느꼈다. 같은 무렵, 일본 각지에서 괴수에 의한 것으로 보이는 괴사건이 일어난다. 우연히 이 사건에 말려든 마이너 방송 디지털Q의 기자 타치바나 준장의 딸, 유리는, ‘야마토 3성수’라고 하는 수호 괴수의 존재를 알게 된다. 고지라의 접근을 감지한 바라곤이 가장 먼저 깨어난다. 곧이어 고지라도 일본에 상륙해 나아간다. 바라곤은 하코네에서 고지라와 사투를 벌이지만 고지라의 압도적인 힘 앞에 바라곤은 쓰러져 버리고, 유리는 나머지 2대 성수의 부활을 믿으며 타치바나 준장이 지휘하는 방위군과 고지라의 최후 결전장인 요코하마로 향하게 된다, 바라곤에 이어 깨어난 모스라와 기도라도 고지라를 쫓아 요코하마로 향한다.
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