전 세계에 퍼진 치명적인 바이러스인 시미안 플루로 인해 유인원들은 나날이 진화하는 반면, 살아남은 인간들은 점차 지능을 잃고 퇴화해 간다. 멸종 위기에 처한 인간들은 유인원의 리더 시저를 찾아 없애려 하지만, 숲에 머물고 있다는 시저는 몇 년째 은신한 채 모습을 드러내지 않는다. 어느 날 인간 군대의 리더 대령(우디 해럴슨)이 시저의 거처를 급습해 그의 가족을 죽이는 사건이 일어난다. 분노한 시저는 오랫동안 함께해 온 동료 모리스(카린 코노발), 로켓(테리 노터리) 등과 함께 복수의 여정을 떠난다.
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