꿈을 향한 용기를 잃지 않고 소년 시절의 꿈을 이뤄 우주 비행사가 된 무사시 하루노 무사시. 무사시가 우주선을 타고 향한 곳은 성수 파라스탄이 지키는 녹색의 별, 쥬란 행성. 하지만 무사시가 쥬란 행성에서 본 것은 온통 붉은 모래로 뒤덮여 죽음의 별이 되어버린 쥬란 행성이었다. 동요하는 무사시에게 붉은 지표면에서 갑자기 나타난 괴수 병기 스콜피스가 달려든다. 쥬란 행성을 죽음의 별이 되게 한 것은 바로 이 전갈이었다. 스콜피스에 죽는다고 생각하는 순간, 상공에서 내려온 눈부신 빛이 무사를 구해준다. 눈부신 빛은 거대한 사람의 형상으로 변한다. 무사시는 그 사람의 모습을 보고 놀라서 "울트라맨 코스모스!!!"라고 외친다. 라고 외친다. 코스모스의 도움으로 무사히 지구로 돌아온 무사시는 어릴 적 친구인 츠톰의 결혼식에 참석하기 위해 상록의 섬 사이판을 방문한다. 결혼식에 모인 옛 친구들과 즐거운 시간을 보내던 무사시는 인어를 목격한다. 즐거운 시간은 오래가지 못했다. 행성 주란을 죽음의 별이 된 전갈자리가 사이판에 날아와 파괴행동을 시작한 것이다. 그 와중에 무사시가 목격한 인어가 해저 괴수 레이자와 동화되어 스콜피스에 맞서게 된다. 하지만 레이자는 스콜피스의 압도적인 힘에 눌려버리고 만다. 참다못한 무사시는 코스모스를 부른다. 하지만 코스모스는 나타나지 않는다. 난동을 부릴 만큼 난동을 부린 스콜피스는 쉽게 날아가 버렸다. 무사시가 인어라고 부르는 신비한 소녀는 자신의 이름을 샤우라고 한다. 샤우는 무사시에게 "스콜피스는 도망친 게 아니야. 산드로스에게 돌아간 것이다."라고 말했다. "라고 말하는 것이었다. 수수께끼의 소녀 샤우란? 샤우와 스콜피스의 관계는? 스콜피스의 배후에 섬뜩하게 숨어 있는 산드로스는 누구인가? 지구는 쥬란과 마찬가지로 죽음의 행성이 되어버리는 것일까?
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