자상하고 가정적인 인물인 미국 해군 소령 아니발 라미레즈(Annibal Ramirez/Carlos: 에이단 퀸 분)는 이스라엘을 여행하다가 모사드의 비밀 요원에게 체포된다. 그는 냉혹한 테러리스트 자칼과 생김새가 똑같았던 것이다. 라마레즈는 신분이 증명될 때까지 잔혹한 고문을 당한다. 한편 미국의 CIA와 이스라엘의 정보기관 모사드(Mossad)는 자칼을 체포하기 위해 라마레즈를 이용하기로 한다. 모사드와 합동 작전을 전개하던 CIA의 프랑스 지국 부국장 잭 쇼/헨리 필즈(Jack Shaw/Henry Fields: 도날드 서덜랜드 분)는 모사드의 체포작전 책임자인 아모스(Amos: 벤 킹슬리 분)와 함께 라미레즈를 자칼로 변신시킨다. 혹독하고 위험한 군사 훈련과 첩보 훈련을 받은 라미레즈는 서서히 자신의 내부에 존재하는 살인마의 본성을 발견하고 당혹스러워 한다. 자칼에 대해 모든 것을 터득한 그는 아내의 사랑마저 무시한 채 극단적인 작전에 투입된다.
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