폴리네시아에 거대한 태풍이 오고, 인펀트 섬에 있던 모스라의 알이 이 때문에 바다로 떠내려가고 만다. 모스라의 알은 일본 시즈노우라 앞바다까지 떠밀려온다. 거대한 모스라의 알은 화젯거리가 되고, 신문기자 사카이 이치로는 알을 취재하기 위해 온다. 그러나 해피 공업의 쿠마야마라는 사람이 나타나 자신이 알을 최초 발견자로부터 샀으니 알에 대한 권리는 모두 자기에게 있다며 알을 조사하는 과학자와 기자들을 모두 쫒아낸다. 해피 공업은 모스라의 알을 구경거리로 삼아 돈을 벌 생각이었다. 이들 앞에 소미인이 나타나 알을 제발 돌려달라고 부탁하지만, 쿠마야마와 해피 엔터프라이즈의 사장은 소미인도 잡으려고 든다. 도망친 소미인들은 이번에는 사카이 일행의 앞에 나타나 모스라의 알을 되찾는 것을 도와달라고 부탁한다. 사카이 일행은 소미인들과 함께 해피 공업에 정식으로 찾아가 모스라의 알을 돌려달라고 요청하지만 매몰차게 거절당한다. 실망한 소미인들은 모스라와 함께 인펀트 섬으로 돌아간다. 한편, 간척사업이 진행중인던 땅에서 방사능이 검출되고 이곳을 취재하러 간 사카이 일행은 땅 속에서 고지라가 솟아오르는 것을 목격한다. 킹콩에게 패배해 바다로 떨어졌던 고지라가 다시 깨어난 것이다. 고지라는 요코하마로 향하며 중공업지대를 파괴한다.
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