2002년, 세월이 흐르며 특차 2과의 말썽꾼들도 이리저리 흩어져 나가고, 고토와 시노부 등만 남아서 2과를 지키고 있었다. 바빌론 프로젝트도 거의 마무리를 향해 달려가는 시점에서 레이버 범죄도 많이 감소해 그럭저럭 평온하고 무난한 일상이 이어지던 중, 정체불명의 전투기가 미사일로 요코하마 베이 브릿지를 파괴하는 사건이 터진다. 사건 당시 촬영되었다는 영상에서 문제의 전투기가 자위대가 운용하는 F-16J임이 방송에서 공개되지만 자위대는 이 사실을 부정한다. 이어 벌어진 가짜 도쿄 공습 사고로 경찰청이 자위대를 압박하면서 두 조직이 점점 첨예하게 대립하게 되고, 정부가 자위대의 손을 들어주어 자위대가 치안 유지를 위해 기계화 부대를 이끌고 도쿄에 들어오는 등 정국은 엉망이 된다. 사건을 한 걸음씩 조사해나가던 고토와 시노부는 '츠게 유키히토'란 남자가 그 배후에 있음을 알게 되는데...
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