이동하는 응급의료팀 도쿄MER이 성공적인 평가를 받으며 일본 전역에 MER 시스템이 자리잡는다. 도쿄 MER 닥터 키타미와 간호사 나츠메는 섬지역만 담당하는 난카이 MER에 배정된다. 배로 이동하는 난카이 MER은 섬마을을 돌며 별다른 출동 없이 시간을 보내는데 이 때문에 존폐위기에 처한다. 그러던 중, 스와노세섬이 화산 활동을 시작하며 용암이 흘러나와 마을을 삼키고 화산탄과 화산재가 섬을 쑥대밭으로 만들기 시작하는데, 과연 난카이MER은 섬에 갇힌 79명의 주민들을 단 한 명의 사망자 없이 모두 구조할 수 있을까...
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