플로리다 근해, 해저 자원을 채굴하기 위해 해저 탐사 중이던 윌리와 식스팩은 침몰한 소련 함정 레비아단의 잔해를 발견한다. 그리고 이들은 잔해에서 꺼내온 금고에서 여러가지 물건을 발견한다. 이날 저녁, 보드카를 훔쳐 마신 식스팩이 갑자기 세포의 이상 증식을 일으킨다. 그리고 통증이 심해지고 이윽고는 다음날 죽는다. 보드카를 함께 마신 여승무원도 몸에 이상한 증상이 나타난다. 결국 그녀는 흉칙하게 썩어들어가는 식스팩의 시체를 발견하고는 그만 자살하고 만다. 선장 베크는 이 일을 회사에 알리고 구조을 요청하지만 여사장은 태풍을 핑계로 시간만 끈다. 일행은 이상한 현상을 일으키는 두 사람의 시체를 결국 잠수선 밖으로 버리려 할 때 시체가 움직이며 무엇인가가 튀어나오려 하자, 겨우 밖으로 버린다. 하지만 그 괴물의 꼬리가 짤려 선실로 들어온다. 레비아단을 조사하던 이들은 이 함정이 새로운 종류의 수중 생물을 만들기 위해 유전자 전환 실험을 시도하다 실패하자 침몰시킨 것을 알아낸다. 놀라운 세포 재생력을 지닌 이 괴물은 비늘과 아가미까지 생겨 심해 생물의 특성을 갖고 있음은 물론이고 자신이 먹어버린 피해자들의 지능까지 갖게 되어 이 지역 일대는 공포의 현장으로 돌변한다. 괴물한테 물린 콥이 괴물로 변해 공격하고 톰슨마저 그에게 비참하게 죽자 배크는 이 엄청난 괴물과 대결할 수 밖에 없다. 결국 다른 승무원들이 모두 죽고 괴물과 싸워 이길 수 없음을 깨달은 베크와 윌리엄스는 잠수 함정에서 탈출하게 된다. 마침내 함정은 폭발되고 이들은 폭풍이 가라앉은 고요한 바다 표면 위로 떠오른다. 이때 상어와 함께 괴물도 따라 올라와 이들을 공격해온다. 결국 흑인 승무원이 희생당하고 베크는 괴물의 입속에 작은 폭탄을 넣는데 성공하여 자폭시키고 윌리암스와 함께 구조 헬기에 올라탄다.
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