어느날 리틀씨 부부는 스튜어트라는 조그맣고 사랑스러운 생쥐를 양자로 데려오는데, 동생을 원했던 아들 조지와 귀여움을 빼앗긴 고양이 스노우벨은 그를 반가워하지 않았다. 스튜어트는 하루 빨리 가족에게 적응하려 노력하지만 쉽지만은 않다. 조지는 스튜어트를 단지 새앙쥐일 뿐이라며 그를 동생으로 인정하지 않고 스노우벨 또한 그를 주인으로 섬길 수 없다며 괴롭힌다. 그러던 어느날 스튜어트는 스노우벨의 추격을 받다 우연히 공작실로 들어가게 되고 조지와 함께 범선을 완성시켜 요트경기에서 우승하게 된다. 이 사건으로 조지는 스튜어트를 동생으로 인정한다. 모든 가족의 관심이 스튜어트에게 이어지자 스노우벨은 스튜어트를 몰아내기 위해 거리의 부랑아인 고양이 몬티에게 스튜어트를 없애줄 것을 사주한다. 그러자 몬태는 뒷골목 고양이 보스인 스모키에게 도움을 청하고 스모키는 스튜어트를 없앨 음모를 꾸민다. 업친 데 덮친 격으로 자신들이 스튜어트의 진짜 부모라며 한 새앙쥐 부부가 스튜어트를 데리러 온다. 그러나 스튜어트는 그들이 자신의 친부모가 아님을 알아내고 간신히 그들과 고양이들 사이에서 도망쳐 나오지만 돌아온 집에는 그를 반겨주는 이는 아무도 없고 스노우벨만이 그를 노려보고 있다.
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