헬박사의 지구정복의 야망이 마징가 Z와 카부토 코지에 의해 좌절되자 기나긴 세월 동안 어둠 속에 숨겨져 있던 기계제국 미케네 군단의 지상침공이 시작되었다. 헬박사의 기계수를 훨씬 상회하는 강력한 전투수 군단의 파워 앞에 마징가 Z가 속절없이 패배하는 찰나, 천둥과 번개에 부르며 또다른 정체불명의 마징가가 전투수 군단 앞에 그 당당한 위용을 드러낸다.
죽은 줄만 알았던 카부터 코지의 부친 카부토 겐죠 박사가 과학연구소에서 독자적으로 만들어 낸 그레이트 마징가와 그레이트 마징가의 조종사가 되기 위해서 어려서부터 겐죠 박사에게 훈련을 받아온 츠루기 테츠야. 이제 마징가 Z의 뒤를 이어 압도적인 미케네 제국의 전투수 군단과의 결전을 위해 그레이트 마징가가 움직인다.
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