주인공 진 패밀리는 과거 캇펠라 행성계에 존재했던 비알 성이라는 별에 살고 있던 외계인 일족들로, 일정 레벨 이상의 문명을 소거하는 역할을 받고 우주를 떠돌며 문명을 멸망시키는 '가이조쿠'라는 외계 집단에게 고향이 멸망당하여 지구로 피난을 오게 된다. 진 패밀리의 차남인 진 캇페이는 점보트3, 그중에서도 메인인 점보에이스의 파일럿으로 선택되어 수면학습 등을 거쳐 점보에이스와 점보트3의 조종 방법을 익히고, 동료인 카미에 우츄타, 카미키타 케이코와 함께 가이조쿠와 맞서 싸우게 된다.
그리고 그 외계 집단을 물리치기 위해 가족들, 심지어는 동료인 우츄타와 케이코마저 목숨을 버려가며 공격하는 가운데 가이조쿠는 캇페이에게 묻는다. "이런 일을 한다고 해서 누가 기뻐하지?"
결국 캇페이와 점보에이스는 승리하지만 가이조쿠는 자신은 하나의 컴퓨터 시스템에 불과하고, 지금까지 일어났던 싸움들은 모두 의미없으며 지구로 돌아가봤자 너를 반겨줄 자는 하나도 없을것이라는 저주섞인 말을 남기고 소멸한다. 그리고 친구들과 가족들을 잃은 캇페이는 홀로 지구로 귀환한다. 최종화 배경에서 바닷물이 눈가에 고인 것이 꼭 눈물을 흘리는 것처럼 보이는 점보에이스가 캇페이의 심정을 대변한다.
그러나 그 때 지금까지 매도하던 마을 사람들과 친구들이 모두 달려와서 캇페이를 인정해준다. 캇페이의 고행은 무의미하지 않았다. 진 패밀리의 어머니들과 우츄타, 케이코의 동생들도 반갑게 달려오며 기뻐한다.
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