신서력 202년. 우주에서 인류와 똑같이 생긴 지적생명체 '스페이스 이미그런트(SE)'가 나타나 지구를 침공한다. SE에 의해 지구의 정복이 거의 끝나고 살아남은 인류는 반격의 기회를 잡기 위해 해저에 요새겸 거주구역인 아쿠아 베이스를 건조한다. 그로부터 100년 후, 더미에 불과한 자연환경에서 살아가는 인류는 점점 건강과 정신에 크나큰 악화가 와 건강한 유전자를 유지하지 못하게 된다. 결국 인류는 인류보존이라는 명목하게 인공수정에 의지해야 하는 상황에 이르게 된다. 그때 지구 국제 연합군 최고 사령관인 닥터 클림트는 인류의 멸망을 막고 지상을 탈환하고자 최고 사령관 직속 독립 사이보그 부대인 엔젤스를 편성한다.
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