주인공 카토 마리카가 3학년 진급을 앞둔 봄방학 중의 어느 날, 우주요트부 2년 선배이자 본인의 이름을 딴 성간여행회사의 사장인 제니 두리틀의 의뢰를 받아 호화여객선에서의 해적영업을 하게 되는데 사전준비격으로 승객리스트를 살펴보던 마리카는 은하패스의 소유자 - 무겐 카나타의 이름을 발견한다. 과거 카나타의 아버지인 저명한 '아공간 다이버' 무겐 박사가 선대 벤텐마루의 선장이자 아버지인 카토지로 곤자에몬에게 아들을 도와 달라는 의뢰를 넣었다는 사실을 떠올린 마리카는 해적쇼가 한창인 가운데 의문의 괴한들에게 쫒기던 카나타를 납치한다.
이후 카나타에 대한 뒷조사를 통해 무겐 박사가 아공간에 어떠한 유산을 남겼다는 사실을 알게된 벤텐마루 일행은 이를 찾아내기 위해 여행을 떠나게 된다는게 주된 이야기.
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