태평양의 한가운데. 해저 화산안에 있는 거대한 돔. 세계 각국의 협력으로 설립된 바다의 안전을 지키는 조직, '아오'(청(靑)). 그 아오에게 일본이 파견한 디젤 엔진의 고물 직전의(나중에 원자력 엔진으로 개조) 잠수함이 '쿠로시오'호. 즉, '청의 6호'다. 돌연, 정체불명의 잠수함이 나타나, 각국의 잠수함을 차례차례 격침시킨다. 그 정체는 세계 정복을 노리는 국제 테러 조직 가고일 '맥스'였다. 청의 6호는 이 수상한 잠수함을 추적해, 맥스의 파괴 활동을 저지하라는 명령을 받는다. 함장 이가 소령, 부함장 하야타 중위, 그리고 청의 6호에 탑재된 잠수정 플리퍼(flipper) 호의 파일럿으로 발탁되어 처음으로 청의 6호에 승선한 이 만화의 주인공격인 야마노 켄타와 오키타 쥬조 오키타 류지. 그들에게 맞서는 맥스의 잠수함대 '무스카'. 그 함대를 이끄는 사람은 왕년에 U보트의 명함장이었던 베르그 대령. 이 두 팀은 드디어 태평양의 해저에서 격돌한다.
거기에 맥스는 해저에 침몰했던 전함 야마토를 잠수함으로 개조. 거대 해수 '아카하게'까지 등장시켜[1] '아오'의 본부를 파괴하고자 한다.
야마토와 아카하게의 공격으로 청의 6호는 위기일발. 과연 청의 6호의 운명은? 그리고 아오와 맥스의 싸움의 결말은?
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