나츠메 린네는 극히 평범한 여학생...이라 생각하며 지내왔다. 자신의 비밀을 알기 전까지는... 일찌기 어머니를 잃은 이래 아버지와 둘이서 평온하게 지내던 린네였지만, 어느날 갑자기 수상한 집단의 습격을 받아 아버지를 살해당한 린네는 아버지가 '사신(死神)'이라는 종족이고 자신에게도 그 힘이 깃들어있음을 알게 된다. 죽어가는 아버지로부터 강한 힘을 물려받은 린네는 적을 격퇴하지만 쫓기는 나날이 시작된다. 도중에 린네를 쫓고 있는 집단과 맞서싸우는 엑소시스트 자매를 든든한 동료로 맞이하여 일시적인 평온을 되찾지만 그 생활은 오래가지 못했다.