가까운 미래, 거대 로봇괴수 터틀킹이 전세계 각지의 우라늄 저장소를 습격하여 우라늄을 탈취하고 있었다. 이때 국제과학기술청에서는 이 사태의 심각성을 인식하고, 대책을 모색하나, 괴수의 정체조차도 알 수 없었고, 이들을 막을 뾰족한 수가 없었다. 이때 국제과학기술청의 난부 박사는 이 괴수가 갤랙터라는 악의 조직의 소속임을 밝히며, 그동안 비밀리에 조직해 훈련시켜왔던 과학닌자대를 국제과학기술청에 소개하면서 터틀킹을 저지하도록 한다. 과학닌자대는 터틀킹을 처치함으로써 처음으로 데뷔했다.
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